Embora seja considerada fundamental para melhorar o ambiente de negócios, a reforma tributária deve causar um efeito colateral indesejado para as empresas que têm créditos acumulados no atual sistema: a incerteza sobre como esses valores serão ressarcidos. Contribuintes que têm direito a isenções tributárias garantem esses benefícios por meio de abatimentos na hora de recolher impostos. Como os tributos serão extintos, esse mecanismo deixará de funcionar.

A principal alternativa é transformar esses saldos em títulos da dívida pública, mas essa saída é criticada pelo setor produtivo, que teme pela demora em conseguir viabilizar as compensações. Segundo dados da Confederação Nacional da Indústria (CNI), esses saldos acumulavam R$ 90 bi em 2013 levantamento mais recente.